u 9 au 12 juin 1794, les 73 personnes guillotinées place de la Bastille et celles qui furent décapitées à la barrière du Trône en attendant l’ouverture du cimetière de Picpus, sont mises dans les fosses communes du cimetière paroissial de Sainte Marguerite. Le 10 juin 1795, vers 5 heures du soir, l’enfant mort au donjon du Temple le 8 juin sous le nom de Louis XVII est enterré à Sainte Marguerite. La bière est déposée à la suite des fosses communes. La nuit, le fossoyeur Valentin Bertrancourt retire le cercueil, décloue une planche et constate que le crâne a été scié pour le prélèvement cérébral. Il place le cercueil dans une bière en plomb qu’il marque d’une fleur de lys et l’enterre le long de l’église. L’exhumation de 1864 fait découvrir le corps d’un jeune de 15 à 18 ans alors que le Dauphin n’avait que 10 ans lors de son décès. Le corps est alors ré-inhumé avec une discrète inscription L… XVII 1785-1795.
L’église attenante abrite le plus grand décor en trompe-l’œil existant à Paris réalisé en 1760 par l’artiste italien Brunetti, et le peintre français Gabriel Briard.